小规模纳税人的常见涉税风险点如下：
增值税方面
⒈开票额正好卡在免征额的临界点：小规模纳税人免征额调高到月 15 万或者季度 45 万的额度，很多小规模纳税开票额就随着免征临界点浮动，如之前是季度 27 - 30 万之间，现在季度 40 - 45 万之间，容易引起税局注意。
⒉存在大量的作废发票或者异常发票：
○ 作废普票份数 10 份，比例占当期全部普票 50% 以上。
○ 作废普票金额占当期全部正数普票金额 50% 以上，开具金额 10 万以上。满足任意一个条件，都容易作为异常企业预警，被税局要求反馈异常结果。
⒊超标强制转为一般纳税人：根据《增值税一般纳税人管理办法》，年销售额指的是不超过 12 个月或者四个季度销售额，并非公历年度 1 - 12 月。很多小规模纳税人因理解有误，每年被强制转为一般纳税人，对于进项抵扣较少的企业，增加了税收负担。
⒋短时间内开票异常：企业刚成立时，短时间内开具大量的发票，且法人年纪普遍偏大，进行的业务还是软件研发等专业技术较高的项目，可能存在风险。
⒌有销无进：小规模纳税人只有销项无进项有很大的涉税风险，可能涉嫌虚开发票；公司没有取得进项发票，相关的成本费用不能税前扣除；还可能面临罚款，且后期货物出现质量问题，自身权益无法得到保障。
⒍未按规定申报视同销售：将开发产品用于捐赠、赞助、职工福利、集体福利、奖励、分配给股东或投资入股、拍卖、换取其他单位和个人的非货币资产等，未视同销售申报纳税。
⒎申报的销售（服务）额小于对应属期开具发票销售额与未开票销售额之和。
⒏增值税年度累计销售（服务）额与年度企业所得税申报收入差异过大。
⒐代扣代缴企业所得税和增值税的计税收入额不匹配。
企业所得税方面
⒈资产总额、从业人数录入有误：导致应享未享小型微利企业税收优惠政策，或不应享受小型微利企业税收优惠政策而进行了享受。
⒉行业性质选择错误：是否国家禁止性行业、是否高新企业选择错误导致应享未享税收优惠政策，或不应享受税收优惠政策而进行了享受。
⒊成本费用扣除问题：
○ 为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，未依照规定的范围和标准内税前扣除，超出部分未调增应纳税所得额。
○ 加计扣除超出规定标准和范围。
○ 关联企业成本、投资者或职工生活的个人支出、离退休福利、对外担保费用等与生产经营无关的成本费用，以及各类代缴代付款项（代扣代缴个人所得税、委托加工代垫运费等）在税前扣除，未进行纳税调整。
⒋收入申报差异：企业所得税预缴及汇算清缴收入额明显小于同期增值税申报收入额。
⒌未按规定申报视同销售：将开发产品用于捐赠、赞助、职工福利、奖励、分配给股东或投资入股、拍卖、换取其他单位和个人的非货币资产等，未视同销售申报纳税。
⒍税前扣除不规范：罚没支出、赞助支出等不应税前扣除而进行了扣除；捐赠支出不满足税法规定的公益性捐赠支出条件，或者超过年度利润总额 12% 的部分（除国务院财政、税务主管部门另有规定外）未做纳税调增；当年发生符合条件的广告费和业务宣传费支出，超过当年销售（营业）收入 15%（除国务院财政、税务主管部门另有规定外），超过部分未调增当年应纳税所得额；发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出没有按照税前扣除标准（不超过发生额的 60% 且不超过当年销售营业收入的千分之五）进行申报，超过部分未调增应纳税所得额。
个人所得税方面
⒈未履行代扣代缴义务：支付工资薪金但未履行代扣代缴义务，未进行个人所得税代扣代缴申报；支付劳务报酬、稿酬、特许权使用费未按规定代扣代缴个人所得税。
⒉自然人投资方股权变更未申报纳税：自然人投资方股权变更交易发生增值的，到市场监督管理局进行投资方变更前未进行个人所得税的申报缴纳。
⒊专项附加扣除问题：专项附加扣除应享受未享受、或不应享受而进行了享受、或填写扣除信息不真实。
⒋全年一次性奖金单独计税办法多次使用：全年一次性奖金单独计税办法在一个纳税年度内多次使用。
⒌个人多处取得收入未合并纳税：个人多处取得的收入未合并缴纳个人所得税。
⒍其他个人所得税问题：企业解除劳动关系而支付给个人的一次性补偿金，超过当地上年职工平均工资 3 倍的部分未按工资、薪金所得代扣代缴个人所得税；发放给职工的各类补贴、奖金、实物、购物卡礼品等，未折算价值作为工资薪金并按税法规定减除费用扣除标准后，按 “工资薪金所得” 应税项目扣缴个人所得税；企业为员工缴纳的养老保险、医疗保险、失业保险和住房公积金超过允许标准的部分未扣缴个人所得税。
其他方面
⒈一址多户开具发票：在同一地址注册多家小规模纳税人来开具发票，同一 IP 地址对外开具发票等情况。
⒉个体户不记账或不报税：
税局明确达到建账标准的个体户需要记账；达不到建账标准的个体户，需建立收支凭证粘贴簿、进货销货登记簿。
个体户将零申报和不申报混淆，认为自己符合零申报的情形就可以不报税，纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。